В 37 году н.э. его сместил с должности легат Луций Вителлий, возглавлявший римские войска в войне против набатеев. Он с двумя легионами продвигался по направлению к городу Петра через Иудею. Ещё в Самарии на Вителлия обрушился целый вал жалоб и доносов на Понтия Пилата, написанных самыми разными людьми, вплоть до иудейского царя Агриппы I, сменившего Ирода.

Луций Вителлий сместил Понтия Пилата с должности римского наместника, заменив его Публием Марцеллом. Поста лишился также иудейский первосвященник Каиафа, место которого занял Ионатан. Остановившись в Иерусалиме, Луций объявил об отмене некоторых налогов, введённых Пилатом. Кроме того, он вернул иудеям одеяния первосвященника, которые ранее были конфискованы. Все эти популистские меры должны были повысить авторитет римских властей перед началом войны Рима с царём Аретой IV, правителем Набатеи. Римлянам была важна поддержка местного населения во время военных действий.

До того Пилат 10 лет оставался префектом этой мятежной провинции, и методы его правления, включая жестокое притеснение местного населения и многочисленные провокации против иудейской религии, вполне устраивали императора Тиберия. Но когда появилась причина для отстранения Пилата от власти, Тиберий не колеблясь пожертвовал своим ставленником. Пилат был вызван в Рим, где над ним должен был состояться судебный процесс. Понтий Пилат обвинялся в коррупции и злоупотреблении властью, доказательством тому было множество свидетельств местных жителей, постоянно писавших в столицу империи доносы на наместника.

Христианские писатели впоследствии сочинили много апокрифов о дальнейшей судьбе Понтия Пилата. Евсевий Кесарийский в трактате 325 г. н.э. «История Церкви» писал: «Во времена правления Гая большое несчастье поразило Пилата. Он посягнул на свою жизнь и стал своим самостоятельным катом, и в скором времени на него снизошла божественная месть. Об этом рассказывают греческие писатели». Здесь имеется в виду апокриф «Mors Pilati» (т.е. «Смерть Пилата») и другие подобные сочинения, подробно расписывавшие суд над Пилатом и его дальнейшую судьбу.

Апокрифы повествуют, что император Тиберий осудил Пилата за его многочисленные злодеяния. Бывшему прокуратору предложили самому выбрать между публичной казнью и самоубийством. Как настоящий римский аристократ, он перерезал себе вены в ванне с тёплой водой. Бездыханное тело Пилата бросили в воды Тибра, и они окрасились в цвет крови. Начался небывалый проливной дождь, разразилась гроза. Тибр вышел из берегов. Тогда по приказу императора рабы выловили труп из реки. Тибр успокоился, наводнение прекратилось, небо расчистилось от черных туч.

Тиберий приказал увезти проклятое тело Пилата подальше от Рима. Труп отправили в дикую Галлию и бросили в реку Рону. Однако и здесь началось ужасное наводнение. Римские легионеры поняли: мертвое тело Понтия Пилата приносит беду, где бы оно ни оказалось. Но приказ императора нужно выполнять. Поэтому отряд, сопровождавший жуткий груз, двинулся дальше вверх по Роне, пока не достиг Женевского озера. Но и здесь повторилась та же история.

Наконец походная колонна добралась до озера, которое впоследствии назовут Люцернским. Легионеры молились богам, чтобы его воды приняли тело прокуратора. Несколько тайных христиан, которые были среди них, тоже молились Господу о погребении тела грешника. Вечером тело Пилата, скрытое в свинцовом гробу, было опущено в озеро. К огромному облегчению римлян, оно оставалось тихим. Только в один миг вода в нём внезапно стала кроваво-красной. И из неё вдруг показалась и тут же исчезла рука покойного. Страх охватил всех присутствующих. После беспокойной ночи солдаты отправились в обратный путь, не оглядываясь. Они хотели поскорее вернуться в Рим и рассказать императору о конце своей миссии и страшных знамениях, свидетелями которых стали.

Эта легенда, увы, не соответствует историческим фактам. Тиберий умер 16 марта 37 года на своей вилле в Мизене. Ко времени прибытия Пилата в Рим императором был уже Гай Юлий Цезарь Август Германик, более известный по своему прозвищу — Калигула. Первое время он вёл крайне осторожную политику, а осуждение римского патриция из сословия всадников, каковым являлся Понтий Пилат, могло бы лишить его поддержки аристократии и сенаторов. Поэтому, скорее всего, суда над Пилатом вообще не было. Во всяком случае свидетельств о таком судебном процессе не осталось.